Recorde-se que, entre outras, a investigação científica do CIEMAR tem sido desenvolvida sobretudo no domínio da biologia e da ecologia marinha, com destaque para a ecologia costeira, a biologia e conservação de recursos marinhos, e a poluição marinha. Os respetivos estudos têm sido realizados com o financiamento de projetos nacionais e internacionais, e no âmbito de programas de doutoramento. Os investigadores do CIEMAR são membros do MARE – Centro de Ciências do Mar e do Ambiente, centro de investigação científica, desenvolvimento tecnológico e inovação, com uma abordagem integradora e holística, concentrando grande diversidade de valências, capacidades e meios, tendo uma implantação territorial de âmbito nacional, desenvolve as suas atividades de investigação orientadas para os problemas e desafios da sociedade, em estreita parceria com centros de investigação nacionais e internacionais.